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Sechs Monate nachdem Doktorfisch Dorie dem Clownfisch-Vater Marlin bei der Suche nach dessen verlorenem Sohn Nemo geholfen hat, beginnt die Dame mit dem Gedächtnisproblem sich bruchstückhaft an ihre Kindheit zurückzuerinnern. Vor allem der Gedanke an das Juwel von Morro Bay in Kalifornien schleicht sich immer wieder in ihren Kopf ein. Also schwimmt sie zusammen mit Nemo und Marlin los, um den Wunsch vom Wiedersehen mit ihrer verlorengeglaubten Familie doch noch wahr werden zu lassen. Natürlich ist die Reise nicht ganz leicht, wenn man sich an kaum etwas erinnert, aber endlich angekommen trifft sie am Monterey Marine Life Institute auf den Weißwal Baily, den Walhai Destiny und den Kraken Hank. Gemeinsam versuchen sie dem Rätsel ihrer Erinnerungen auf den Grund zu gehen.