Für den Mörder Callum Lynch (Michael Fassbender) gibt es kein Zurück mehr vor der Hinrichtung. Doch anstatt zu sterben wird er für ein hochmodernes Projekt gebraucht, in dem es möglich ist, über die eigene DNA in das Erlebte der Vorfahren einzudringen. Gerade als Lynch sich mit dem Gedanken anfreunden kann, wird ihm offenbar, dass seine Vergangenheit ausgenutzt werden soll, um an ein mächtiges Artefakt zu gelangen, mit dem es möglich wird, die gesamte Menschheit zu versklaven. Nun lieg es an Lynch, sich die Assassinenfähigkeiten seines Ahnen anzueignen und 500 Jahre nach diesem erneut das Böse von der Welt fernzuhalten.